Markus Babbel đến Anfield theo dạng chuyển nhượng tự do từ Bayern Munich vào năm 2000. Mùa bóng 2000/01 Babel là một trong bốn hậu vệ quan trọng của Liverpool. Mùa bóng đó, Babel đã ghi bàn trong trận chung kết cúp UEFA thắng Alaves ở Dortmund.

Sau khi dành 5 danh hiệu cùng Liverpool, mùa bóng 2001/02 Babbel bất ngờ mắc phải hội chứng lạ và thời gian nghỉ thi đấu quá lâu đã khiến anh không còn giữ được phong độ như trước.

Mùa bóng 2003/04 Markus Babbel chuyển sang Blackburn Rover theo một hợp đồng cho mượn. Và đến tháng 7 năm 2004 Babbel trở về Đức thi đấu cho Vfb Stuttgart.